Peter Jenni a commencé très jeune à s’intéresser à la physique. Il avait toujours aimé lire des textes de vulgarisation sur le sujet, même s’il n’avait pas été très motivé par son professeur de physique du secondaire. Il lui sembla naturel d'opter pour des études de physique, en se concentrant sur la physique expérimentale ainsi que l'astronomie et les mathématiques. Il devait obtenir ainsi une licence à l’Université de Berne, avant d'entreprendre un doctorat à l'École polytechnique fédérale de Zurich.